Ondernemingen die willen overstappen naar elektronische facturen hebben dikwijls meerdere manieren om dit klaar te spelen. In principe hebben zij 2 keuzes wanneer zij het proces van het handmatig maken van een factuur willen automatiseren. Daarbij is het belangrijk om de kwantiteit van de maandelijks gegenereerde en verstuurde facturen in ogenschouw te nemen. Het is tevens van belang naar wie deze facturen verstuurd moeten worden.
De basiskeuzes slaan in feite gewoon op automatisering in eigen huis houden door simpelweg de factuur om te zetten naar een pdf formaat en deze via e-mail te versturen. Men kan ook kiezen voor een bestaand facturatie systeem of softwarepakket, die voldoet aan alle gestelde eisen. Zowel de kosten als de efficiëntie mogen niet worden geschaad en daarop mag de keuze geen invloed hebben. Het is tevens belangrijk tot het besef te komen dat investering in een systeem over langere termijn moet worden bekeken.